原生動物是單細胞動物，從原則上講，在億萬年的發(fā)展過程中，首先是由無機物發(fā)展到簡單的有機物由簡單的有機物發(fā)展到復(fù)雜的有機物，發(fā)展成像蛋白質(zhì)、核酸等那樣復(fù)雜的大分子，發(fā)展出具有新陳代謝機能、但還無細胞結(jié)構(gòu)的原始生命。這是最初的生活物質(zhì)、生命形態(tài)。以后又經(jīng)過漫長的年代，才由非細胞形態(tài)的生活物質(zhì)發(fā)展成為有細胞結(jié)構(gòu)的原始生物。由原始生物近代發(fā)展分化出原始的動物和植物。進而發(fā)展成現(xiàn)代的形形色色的原生動物。
在原生動物這四綱中哪一類是最原始的：過去有些人認為肉足綱變形蟲這一類動物是最原始的。因為其結(jié)構(gòu)簡單，可是它是吞噬性營養(yǎng)，它需要吃其他原生動物或植物等，所以它不會是最早出現(xiàn)的。纖毛綱結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜，且為吞噬性營養(yǎng)，也不可能是最早出現(xiàn)的。孢子綱的動物全是寄生的，寄生的種類是由獨立生活的種類發(fā)展而來的，因此也不可能是最早出現(xiàn)的。只有鞭毛綱具有3種營養(yǎng)方式，因此一般認為鞭毛細是原生動物中最原始的一綱。
在鞭毛綱中到底是哪一類最早出現(xiàn)的這個問題還有爭論。過去有些人認為最目出現(xiàn)的是有色鞭毛蟲。因為它可以自己制造食物，但因為色素體結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜，不可能想象最早出現(xiàn)存如此復(fù)雜的結(jié)構(gòu)。所以又有些人認為最早出現(xiàn)的不是有色鞭毛蟲，而是無色滲透性營養(yǎng)的鞭毛蟲，因為無色滲透性營養(yǎng)的鞭毛蟲一般構(gòu)造比較簡單，這種說法看來可以被接受。因為物質(zhì)的發(fā)展是由簡單到復(fù)雜，而在單細胞動物出現(xiàn)以前，已經(jīng)存在著有機物的條件，當(dāng)然并不是說由現(xiàn)在的無色鞭毛蟲發(fā)展來的，而可能是有些類似現(xiàn)在的無色鞭毛蟲,假定把它叫做原始鞭毛蟲。由原始鞭毛蟲經(jīng)過漫長的歲月，形成現(xiàn)在的形形色色的鞭毛蟲�，F(xiàn)在有人認為領(lǐng)鞭毛蟲是最原始的，它是所有多細胞動物的祖先。
肉足綱也是從原始鞭毛蟲發(fā)展來的，因為很多肉足蟲如有孔蟲，其配子具鞭毛，根據(jù)生物發(fā)生津，說明其祖先是具鞭毛的。又某些種類如變形鞭毛蟲具鞭毛和偽足,這可說明鞭毛蟲與肉足蟲親緣關(guān)系密切。纖毛蟲可能是從原始鞭毛蟲發(fā)展成鞭毛蟲的過程中，又分出一支形成的，因為纖毛與鞭毛的結(jié)構(gòu)是一致的說明這二綱的關(guān)系較近。孢子綱因全為寄生的，追溯其來源較困難。大致可看出有兩個來源如瘧原蟲、球蟲，其配子都具鞭毛，可能來源于鞭毛綱，而粘孢子蟲，其營養(yǎng)體全為變形體，可能來源于肉足綱。
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